TUGAS UAS TEKNOLOGI INFOMASI

Helloo world...
dapet tugas nih disuruh cari jurnal tentang "AQUACULTURE BIOINFORMATIC"

Mari simak jurnal nya ^_^

Penelitian Artikel Identifikasi dan analisis kekebalan terkait Transkriptome di Asia Seabass Lates calcarifer.

 

        Ikan penyakit yang disebabkan oleh virus, bakteri dan parasit diakui sebagai hambatan yang signifikan pada budidaya-pro produksi dan perdagangan sehingga mempengaruhi ekonomi serius.Perkiraan kerugian global penyakit pada budidaya melampaui US $ 9 miliar per tahun, yaitu sekitar 15% dari nilai ikan dunia ternak dan produksi kerang. Berhasil pertahanan terhadap infeksi patogen yang tergantung pada kemampuan untuk mendeteksi keberadaan menyerang patogen.Dalam akuakultur, dasar data yang pada ikan-patogen interaksi telah efektif diterapkan untuk vaksinasi skala besar untuk membantu generasi respon imun yang kuat dan tahan lama. Bagaimana pernah, pengembangan vaksin yang efektif adalah kompleks proses. Prasyarat untuk mengembangkan vaksin adalah pemahaman epidemiologi penyakit dan dasar sistem kekebalan tubuh spesies sasaran dan mengidentifikasi gen dan jalur yang terlibat dalam respon transkrip ikan terhadap infeksi.

         Para Seabass Asia Lates calcarifer didistribusikan di daerah tropis dan sub-tropis di Asia adalah penting foodfish laut spesies di Asia Tenggara dan Australia. Spesies ini telah dibudidayakan selama lebih dari 20 tahun di payau air kolam dan dalam beberapa tahun terakhir dalam mengambang kandang. Produksi tahunan global di Asia Seabass saat ini 400.000 metrik ton menurut FAO statistik Dalam beberapa tahun terakhir, kami melakukan mengembangbiakkan program untuk Seabass Asia dan dikembangkan nomor alat genomik seperti mikrosatelit , SNP dalam gen, hubungan peta, BAC dan perpustakaan cDNA  untuk memfasilitasi program pemuliaan selektif. Mas-sive mortalitas yang disebabkan oleh infeksi bakteri atau virus di produksi perikanan budidaya yang intensif telah menyebabkan serius kerugian ekonomi di Asia Seabass akuakultur. Beberapa jenis bakteri, seperti Cytophaga johnsoniae dan Streptococcus iniae telah saat ini telah diisolasi. Generasi perpustakaan cDNA subtraktif dan perakitan EST Dua perpustakaan cDNA subtraktif, maju subtraktif perpustakaan (gen diharapkan akan up-diatur dalam menanggapi kekebalan tantangan di perpustakaan ini) dan reverse subtrac- tive perpustakaan (gen diharapkan akan turun-diatur dalam menanggapi tantangan kekebalan tubuh) dibangun dengan menggunakan subtraktif cDNA dari limpa Seabass Asia sampel pada 24 jam pasca tantangan dengan LPS dan sampel kontrol. Sebanyak 1527 dan 1824 secara acak memilih klon untuk maju subtraktif perpustakaan dan sebaliknya subtraktif perpustakaan, masing-masing, diurutkan.

       Ikan merupakan kelas awal vertebrata memiliki unsur-unsur dari kedua imunitas bawaan dan diperoleh Mediator larut dirilis oleh ikan kekebalan tubuh sel dapat mengatur respon inflamasi dan memiliki sepenuhnyasistem komplemen fungsional dan reseptor unik yang mengenali patogen. Kami mengidentifikasi total 161 genberanotasi (19%) sebagai respon terhadap stimulus dan 115 gen (13,6%) yang cocok gen dalam sistemkekebalan pro- cess. Ini jauh lebih tinggi dari yang dilaporkan di Eropa Seabass (Dicentrarchus labrax) dengan hanya 79 gen (6%) dikategorikan ke "proses sistem kekebalan tubuh" kategori GO setelah terinfeksiV. angui l larum dan dengan 8,7% dari yang menunjukkan kesamaan EST signifikan dengan kekebalan tubuh gen setelah infeksi Nodavirus. Mayoritas kekebalan dan stimulus terkait EST urutan terdeteksi di penelitian ini dilaporkan untuk pertama kalinya di Asia Seabass. Dari yang, beberapa homolog gen yang ditemukan dalam penelitian sebelumnya dilaporkan untuk memainkan peran penting dalam respon imun bawaan hewan vertebrata terhadap infeksi bakteri, misalnya, Hepcidin.Beberapa transkrip diidentifikasi adalah vertebrata homolog dan yang lainnya sampai sekarang dilaporkan protein pertahanan putatif. Yang terkait dengan kekebalan yang diperoleh gen dapat memungkinkan pemahaman yang lebih baik kekebalan di Seabass Asia, melakukan analisis fungsional rinci dari gen dan mengembangkan strategi untuk perlindungan kekebalan yang efisien terhadap infeksi pada Seabass Asia.

  
untuk selengkapnya bisa di klik disini. selamat membaca ^_^

Bioinformatika Dalam Perikanan

Hello world ....

disini aku akan membahas tentang Bioinformatika Dalam Bidang Perikanan dan Peran nya. Apa itu Bioinformatika ...???

Bioinformatika (bioinformatics) adalah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenik, dan analisis ekspresi gen. Istilah bioinformatics mulai dikemukakan pada pertengahan era 1890 untuk mengacu pada penerapan komputer dalam biologi. Namun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika (seperti pembuatan basis data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologis) sudah dilakukan sejak tahun 1960.
Kemajuan teknik biologi molekular dalam mengungkap sekuens biologis dari protein (sejak awal 1950) dan asam nukleat (sejak 1960-an) mengawali perkembangan basis data dan teknik analisis sekuens biologis. Basis data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960-an di amerika serikat, sementara basis data sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970-an di Amerika Serikat dan jerman(pada European Molecular Biology Laboratory, Laboratorium Biologi Molekular eropa). Penemuan teknik sekuensingDNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970-an menjadi landasan terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang berhasil diungkapkan pada 1980-an dan 1990, menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom, meningkatkan kebutuhan akan pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika.
Perkembangan internet juga mendukung berkembangnya bioinformatika. Basis data bioinformatika yang terhubung melalui Internet memudahkan ilmuwan mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam basis data tersebut maupun memperoleh sekuens biologis sebagai bahan analisis. Selain itu, penyebaran program-program aplikasi bioinformatika melalui Internet memudahkan ilmuwan mengakses program-program tersebut dan kemudian memudahkan pengembangannya.

SEKILAS TENTANG ARTIKEL PERAN BIOINFORMATIKA BIDANG PERIKANAN

Dewasa ini permintaan masyarakat akan komodiatas perikanan semakin meningkat. Hal ini disebabkan karena masyarakat mulai menyadari akan nilai gizi ikan yang tinggi. Sektor perikanan khususnya perikanan budidaya diharapkan mampu untuk memenuhi kebutuhan masyarakat akan ikan. Namun budidaya perikanan mengalami permasalahan diantaranya ketersediaan benih unggul, masalah pakan dan serangan hama penyakit.

           Pada prinsinya pendekatan biologi moelekuler dapat ditempuhdengan tiga tingkatan molekuler yang berbeda .Pertama, studi pada tingkat DNA yang disebut (Anotasi Genom), yaitu mengidentifikasi gen-gen pada suatu genom, yang kemudian menganalisis letak dan fungsi gen-gen tersebut. Kedua, studi pada tingkat RNA (Transkriptomika), yaitu menguji seluruh transkrip (produk transkripsi gen) yang dihasilkan oleh suatu genom. Ketiga, studi pada tingkat protein (Proteomika), yaitu menguji seluruh protein (produk translasi RNA) yang dihasilkan oleh suatu genom. Ketiganya bertujuan untuk meningkuatkan kualitas dan jumlah produksi budidaya perikanan.untuk lebih jelasnya bisa klik disini kemudian download artikel nya.